on the forward strand. The true start site of the motif is given after the colon in the name of the sequence.

1. If desired, enter an email address to receive a confirmation that your job has been completed.

2. Paste the following sequences into the window "actual sequences":

   >TestSeq0:138
   TATATATATTGTGATCACAGCTTATATACCCACTGATTATTTTCTATCAAAGATAATTTAGTAGATTACACAGACGAAGCATTACTAGAACTACATAAGG
   TTTGTATTGAGCTTTTAACACCGGCGTACCGATTCCGCGCCAGCGTATCGATACTCTATAGACCAAGTTCTATAATTTTTCGATAATCTCGTCGATCTTG
   >TestSeq1:144
   TCAGTGTACGCGATAAAGACATATCAATTACATATAAGTATTATACCCATACATACGCTTATAAAAATTAAACAAATGCAATCTTTTGGTACTATAACTA
   CTCAATAATGATAGCAAAAGATATGTTGGAAAGATCAATTATTCCCCCGGCCCTTTTTTCTGATATAGCGTAGTAAGCACCTATTTTATGTGGTTCCTGG
   >TestSeq2:95
   ACTTAAATGGCGGGACTGTATTAACTTCACAATAACTGAATTCGAATAGAGATAAATTTAATGTGCTTATTCTTACAGTTCACTTAACGCGGTACCCCGG
   CGATCACAAATTTCATCGGCGGTATCTCATAGTTTTAGCGTAACGATGCTCGAATACTCCCTGCGTCCTTATCTGAAAGTTTAAAGATGTTCATGCTCTT
   >TestSeq3:168
   CACATCCCGCAGAAGTCTAATATCCAAAAATCTGTAGTCCGTTGTGCGCTTAAAGTGGATATTAAATACAGCAACCCATACATCCCTTTAGTCATCTATG
   AGACCACTATAATCTACTAACCTAGCGTTACTTCCTTATAAACCGGTAGCAGATGGTAGCCGCTAGACGGCCGCGATATGATCCCTATAACTTAATATAG
   >TestSeq4:8
   TTCCAATCGCACCCGTTTTTAACAATAGGTTTCGCAATAATAGACAGCCGAAACAATACCACAACTGAGTGAACTATTGCACTTTTATAAGCTGTCCACC
   CCAAAACTTGAAGGGTAATACTAGCTATATTAGTTCAGACATAAGGAGCAAGTATGGGTCAGTACCAGGATTATAAAGCTATTTAAATTTCACAAACACC
   >TestSeq5:51
   CCAGAGGTCTGATGGTTAGTAGCCTTAAAGGAATATCGTTGATGCTTGCACGCCCCCGTGCATATCTGTTGCTTTATATCTACTAGCTCTGTGAAAGGCT
   TCCAATATAGTTATGAAATAATCGATTTTGGTTGCTAATTTATGAAAACGCTGTGCAATGAATAAATTGTAGTTTCTGCTCATATGATGTCCTAGGTTCG
   >TestSeq6:44
   AGTTTTCCGTTTTATATTACGGTGAAACAAATGAGTTCCGCTGCGGGCGCGTATTAGTGTCAGCTAAACTGACTTCCACTGCCAAATACTTTCGTATATA
   AATACTTGTACTGCTATGGTATACGACCTTAATATAACGCGCCTAACATCAAGGTGAGCAGTAGCACGTAATCTGTATCTCTCTTACTAGGATTTATAGT
   >TestSeq7:128
   TTTTAGGGCCCGGCCAATACATTCCGTCCGTCTTTTACGTTATTGTGATAATGAGATGCGTGGTGCACGTTGTATTATTTTTTTTAGGAAGCTAATATGA
   TTTAGCTATATGTCGAAATATAATATCCGCAGGCGTTTAACCGGCGCACTCATGCCATACAGTACTTAGGAACTTACGGTTGCAAACCTATACGAGTAAA
   >TestSeq8:73
   TAAGAAGTACGCCAGTTTGAGAATAAAAGGAGAGACAAAGTAAGTGCGCAAAATGTATATGAATCTAGACTACGCGTGCGGTGGTATTGAATTAGACATA
   ATGCAGATAGTAGACCCACCTCGTATGTTGGTCACCTTGTAAACTAGATTGTTAACAAGCTTTTTACTCGTAATCTACAAAATGTGGGTTCTTACGCATG
   >TestSeq9:116
   AGTTGTATGGTTTATTCTAACAGGCAGCTATTGCTATTATTGCAAACAAACAAGAAACTCGTAAGGTTTACCTCAGGGGCGTGCTGCCGGCCCTACTTGG
   ACACACCTTGCATTCGCCGTGCGACCCGCGCCAAGGTAGATGCTGAATCCTTGATATATATTGCTTCTAAAAAAAACATTAAATCCGACAATTACAACAA
   >TestSeq10:3
   CTCGGCAGCGGTTCAGAGTAATAGAAACAGTCTTCTTTATCTCCTTGCCACCTTCGAGTTGTCGCCGATAGTCGATATGTGAATAATGGGGTTTAAAGTG
   CCGTCTGTTACTAGTCACCACGGTTCTTTGTAGCTTCTTAATAGTGCACAGGTCAGTTTCTACTTTGACGTATGATGTTGGCGGGTAACCATCAACGATA
   >TestSeq11:175
   GTATCTTCTCAAAGGGCGATATTCAATAACTAATGCAACGAACCCGGTCCATTGATGAAATTTTTATCAACTACTTTTTGTACTCAAGTAGTATAAGACG
   GTCCTAATATTAAGTTCTATAACTTACATCAAAAAATAAAGTTGTACCTTGAGCTTTACCCGATACGACAGCATGCCCTGCGATGTTTGCGAATAGTAGA
   >TestSeq12:161
   TGTACCACTTATTTGGATAAACCCTTGTGACAAATCAGTATTGTTGATTGTAAAATCGTAAATGATGATTACAGTGACATTATCCACAATATTTTGGATA
   AACTTTCATGACCGGAAAATATTAATCGTAGTATTCCGAATCAACCTATTTTGCCTAACTCGGACGGGGACTCATAAAATAAGCGATATAAGTTGGTTTT
   >TestSeq13:147
   GGCCAGTTGAGCTAAATTATCTTAATATTGTAAGTTCAATACCAAGTAACGTCCAGCGTCAAATCGAACCTTTAAGCTCAGCTTTCAACTACATATGTAG
   GCTTTACTAGCGTTTAATACTCGATACTACGATTTGAGTCAGCCAACGCCAGCGCTTGGTATTTGTAACATATGACATATATAATACTACAATAGGCCGT
   >TestSeq14:88
   GGGATGCAGCACAACTCGTACTTCATTAATTTTGTCTGCTAACTATACATTAACGTGTTACATAATTACGTATTAGATTGAGAAGGTCGCAAGCCTCGTG
   TAGTATCACATACCTAGTAAGTAGCGTCAGCACACGGTCTAGCTAAGCATGGCCTTACAGGTCATATATGTAGATTAGCTAAGATTAGTAGGTAATTACT
   >TestSeq15:12
   TCACTGTTTTTCGCACGGGAAAGGGCCTCGGGATATCGAAAGTATAGGTAGTAACCTAACCTACCCCAGTCATTTAGTTTTTATTTAATTAGTAGTGATG
   TTATTGCGCCACGGATATGAGATTATCGATGAACTCCGTACATACGGATAATAATAAATCCCAATTGGATCACTAGAACCTTATAGGTAAAAAAATTCCC
   >TestSeq16:6
   TTATTCCCGCCGGATCAGGAATCCTTGCATAATCAGTTTCACAGATGTAGTTTAAATTCTTGTCCTTTTGTATCTTTCGTGGCAGTTCCGATCGGTTCAT
   TTGATCATAGATGGCATACTATAAACTCATTTTATGTTATGATAAGAGATGTCCTGTCCACCTCGGTTACCATTATGAATAATTGATGTGGATAGGATAG
   >TestSeq17:130
   AAGTGTGGATGGTAATACTGCAACTTCGTCTTTTTTCTAGTGGATGTTTGGGTCTCGATGCGGTTGTAAACACTCTATCTATATAATTAAACAAGATTAA
   ATGCCACAAACACTTTATCTTTTCTTCGACGCCCGGCAATGAATCATCGTTAAGTGTCACATTATGATAACGTAGTATGAACCAAAGCCTCCATTGCAAT
   >TestSeq18:28
   AAAATAAAATAAACGGGGTATATACTACGGACGGGATACTGTACCTTCTAAACAGCATTTCACCTTTAATCATGAACTGTTTTTTCGAACATCTGCATAA
   AAATTATTTTTCCTTCTTCTCAGATGTGTTAACCCATGTGTACAAGAGTGACGTCTACCGGCTACTTTAAGTGTGTAAATGCATGCTATAGCTAAAATTA
   >TestSeq19:121
   CCGGGCTATGATATGACAAGCGGATAGGTAGTCAGTTAGCTCTTACTAGTTACGCCGACTTTGAATGAACAAATCTAAGAGTAAGATTCGTTAGATATAT
   GCCATACGCTAGGATGCTATGGGGCCCCTTTTTCAAGGTGTAAAATTATATGGTGGAATTAATACGTGGCTTATATCAATCTTAACATATAAGTGTAGGA
   
   

3. Check the Search given strand only option.

4. Paste the following constraint definitions into the window "actual constraint definitions":

   @ ConstraintSet 1
   
   >IntervalSetup
   Length: 3 bp
   Length: variable
   Length: 3 bp
   
   >IcBounds
   Interval: 1
   Bounds: 1.0 to 2.0
   
   >IcBounds
   Interval: 2
   Bounds: 0 to 0.8
   
   >Pal
   Intervals: 1 and 3
   ErrorTol: 0.05
   

5. Check the option Add unconstrained case to given constraints.

6. Enter 7 for the minimum motif width and 9 for the maximum motif width.

7. Press the Start search button.